本會於民國三十九年依照台灣省行政區域調整辦法，由原新竹縣農會重新劃分為桃園、新竹、苗栗三縣農會於民國四十年一月十五日於苗栗市公所中山堂召開成立會員代表大會，選舉理、監事，呈奉苗栗縣政府以肆拾寅江府建農字第○三四八九號頒發立案證書暨圖記，並於同年三月八日舉行新舊縣農會移接交代，三月十日正式開始辦公，當時會址設在竹南里民族街一三五號原竹南區署，嗣於民國四十四年九月遷移現址，並經民國八十七年改建辦公大樓，於九十年六月啟用，地址為苗栗市中山路五三八號。