本會前身為新竹州農業會，光復後於西元一九四六年三月依據法令改組為新竹縣農會，同年十二月奉令將農會經濟部門劃分農會專辦農業生產指導推廣工作，一九四九年十一月依據「台灣省各級農會合作社合併辦法」將農會及合作社聯合社合併改為新竹農會，十二月向縣府申請登記立案，一九五一年一月 遵照行政區域調整實施，原新竹縣農會合併原新竹市農會，再劃分成立新竹、桃園、苗栗三縣農會，本會至此改組完峻，會址設於新竹市公園路六十八號，後因新竹市改制省轄市，為配合縣政府遷治而於一九九二年十月遷至現址-新竹縣芎林鄉上山村文山路989號，並於103年度在竹北市-新瓦屋園區駐村，提供在地青農的地產地消新鮮農產，民眾前來賞荷拍照、看展後，還可順便採購優質蔬果。

新竹縣農會推動「地產地消」，減少中間流通成本，縮短食物里程，因此本會在新瓦屋設立新竹縣農會農民直銷站提供消費者新鮮、安全、安心、健康、具地方特色及魅力的農產品。